1) Para graficar con GNUPLOT la solución del problema, esta debe de
ser guardada en un archivo, que contenga la lista de coordenadas 
y la solucion en la coordenada, i.e. 
   x1 y1 ... val1
   x2 y2 ... val2

   xn yn ... valn

2) Abrir GNUPLOT

3) Para gráficar en 2D el archivo Solucion.txt usar
   plot 'Solucion.txt' using 1:2 

4) Para gráficar en 3D  el archivo Solucion.txt mediante puntos usar
   splot 'Solucion.txt' using 1:2:3   

5) Para gráficar en 3D  el archivo Solucion.txt mediante un modelo de alambre usar
   set style data lines
   splot 'Solucion.txt' using 1:2:3

6) Para gráficar en 3D  el archivo Solucion.txt los contornos
   set dgrid3d
   set contour both
   splot 'Solucion.txt' using 1:2:3

7) Para gráficar en 3D  el archivo Solucion.txt mediante una sabana usar
   set dgrid3d
   set pm3d
   splot 'Solucion.txt' using 1:2:3


Más detalles:
http://gnuplot.sourceforge.net/demo/